Merzifon 966 km2 yüzölçüme sahip olup, Orta Karadeniz bölgesinin iç kesiminde yer almaktadır.

Kuzeyde yüksekliği 1909 metreyi bulan Tavşan Dağı güneyde Eğerli ve Çakır dağları bulunmaktadır. Ortalama ilçe merkezinin rakımı 700 metredir